Giáo hoàng Piô IX, trước khi qua đời, còn phải bênh vực cuộc chiến đấu Kulturkampf của Bismark. Ông đã tố giác Kulturkampf về cuộc chiến văn hóa, chính sách của Bismark chủ trương làm giảm thế lực của giáo hội Rôma và đặt giáo hội Đức dưới quyền giáo hội quốc gia. Cũng như những bạo lực do Thụy Sĩ thực hiện chống hàng giáo sĩ công giáo. Thông điệp 1873, đã lên án bạo lực Thụy Sĩ dẫn đến việc trục xuất liên sứ thần. Năm 1874, triều đình Áo-Hung cắt đứt thỏa ước.

Giáo hoàng Piô IX, trị vì gần 1/3 thế kỷ XIX, là Giáo hoàng giữ chức lâu nhất từ trước đến nay, nếu không tính Thánh Phêrô. Ông qua đời ngày 7 tháng 2 năm 1878 và được mai táng trong vương cung thánh đường Thánh Laurence tại Rôma. Lần cải táng trong tiến trình phong Chân Phước cho ông, người ta phát hiện thi hài của ông còn nguyên vẹn.

Mộ của Giáo hoàng Piô IX nằm trong một nhà nguyện phía sau cung thánh của vương cung thánh đường thánh Lauresô ngoại thành. Theo giáo sư Roger Aubert và Giacomo Martina, hai học giả về Triều Giáo hoàng của ông, thì lòng sùng đạo bình dân được phát triển hơn, con đường tu đức linh mục được canh tân hơn.

Hồ sơ phong Chân Phước cho ông được khởi sự ngày 7 tháng 2 năm 1901 gặp nhiều trắc trở, khó khăn và kéo dài cho đến ngày 6 tháng 7 năm 1985. Phép lạ liên quan đến việc chữa lành cho một nữ tu người Pháp do sự cầu bầu của Đấng Đáng Kính Giáo hoàng Piô IX được hội đồng Y Khoa giám định ngày 15 tháng 1 năm 1985 và đi đến kết luận tháng 12 năm 1999 là không thể cắt nghĩa được. Giáo hoàng Gioan Phaolô II đã tôn phong Chân Phước cho Đấng Đáng Kính Piô IX ngày 03 tháng 9 năm 2000 tại quảng trường Thánh Phêrô.